تیرولیزین دارای فرمول شیمیایی C9H11NO3 و جرم مولی ۱۹/۱۸۱ می باشد.
*******************************************************
۲-۶-مولکول آب
آب یکی از مواد مایع و فراوان‌ترین ماده ی مرکب بر روی سطح کره زمین و بستر اولیه حیات به شکلی که امروزه می‌شناسیم، است. بیش از ۷۵٪ وزن یک انسان از آب تشکیل شده‌است و نیز بیش از ۷۰٪ سطح کره زمین را آب پوشانده است (نزدیک به ۳۶۰ میلیون از ۵۱۰ میلیون کیلومتر مربع) با وجود این حجم عظیم آب تنها ۲ درصد از آب های کره زمین شیرین و قابل شرب است و باقی آن به علت محلول بودن انواع نمک‌ها خصوصاً نمک طعام غیر قابل استفاده است. از همین دو درصد آب شیرین بیش از ۹۰ درصد به صورت منجمد در دو قطب زمین و دور از دسترس بشر واقع شده‌است. بیشترین چگالی آب خالص در دمای ۹۸/۳ درجه سلسیوس (۳۹٫۱۶ درجه فارنهایت) حاصل می‌شود که برابر ۱ گرم بر سانتی‌متر مکعب یا ۱۰۰۰ کیلوگرم بر متر مکعب است[۳۱].
(شکل۲-۲۵):مولکول آب
۲-۶-۱-مدلهای آب
در فیزیک و شیمی محاسباتی مدل های آب کلاسیک برای شبیه سازی خوشه های آب، آب مایع و محلولهای آبی با حلال صریح استفاده می شود. این مدلها با بهره گرفتن از مکانیک کوانتومی، مکانیک مولکولی، نتایج تجربی و ترکیبی از اینها بدست آورده اند. جهت بدست آوردن خصوصیات واقعی آب، مدل های زیادی توسعه داده شده است. به طور کلی این مدل ها را می توان با سه نکته زیر طبقه بندی کرد [۳۲] :

تعداد نقاط برهمکنشی (که سایت نامیده می شود)،
آیا مدل صلب است یا انعطاف پذیر،
آیا مدل شامل اثرات قطبشی است یا نه.
یک جایگزین برای مدل آب صریح، استفاده از مدل ضمنی است که بصورت یک مدل پیوسته شناخته می شود. در این بین، می توان به مدل COSMO اشاره کرد. مدل های صلب آب بعنوان ساده ترین مدل آب شناخته می شود که در آن برهمکنش پیوندی بین هیدروژن و اکسیژن وجود ندارد و بدین معنی که بجای پیوند قابل ارتعاش، با یک میله صلب آن را مدل می کنند. همچنین در این مدل زاویه بین دو پیوند هیدروژن و اکسیژن ثابت می ماند[۳۳].
برهمکنش های الکتروستاتیک با بهره گرفتن از قانون کولن و نیروهای دافعه و جاذبه با بهره گرفتن از پتانسیل لنارد-جونز مدل شده است. پتانسیل برای مدلهای TIP3P وTIP4P به این صورت نمایش داده می شود:
)۲-۱):

(۲-۲):
که در آن  ثابت الکترواستاتیک و دارای مقدار  است.  بار جزیی،  فاصله بین اتمی است.  ضرایب پتانسیل لنارد جونز می باشد.
محل بارهای جزیی ممکن است روی اتم ها و یا در یک محل خارج از اتم ها باشد. مثلاً در مدل TIP4P بار جزیی اتم اکسیژن در روی خود اتم اکسیژن قرار ندارد بلکه روی نیمساز زاویه بین دو پیوند موجود در آب قرار دارد و فاصله آن از اتم اکسیژن برابر با  است. در بسیاری از مدل ها برهمکنش لنارد-جونز فقط برای اکسیژن تعریف می شود و برای هیدروژن تعریف نمی شود. یکی از این مدل ها همان TIP4Pاست. در شکل(۲-۲۶) ۴ نوع مدل آب که به ترتیب از سه سایت شروع شده و به ۶ سایت می رسد. کد لمپس قابلیت شبیه سازی سه نوع مدل آب را دارد. این مدل ها بصورت زیر هستند:[۳۴-۳۷].
SPC, TIP3P, TIP4P
مدل TIP3P در تمامی شبیه سازی انجام شده در این پایان نامه استفاده شده است.
شکل۲-۲۶):مدلهای آب)
حال مدل سه سایت استفاده شده در شبیه سازی این پایان نامه را بطور مختصر توضیح می دهیم. در این مدل ۳ نقطه برهمکنشی معادل با سه اتم در مولکول آب است، هر نقطه دارای بار است و همچنین دارای پارامترهای پتانسیل لنارد-جونز می باشد. از آنجایی که مدل های سه نقطه ای بازده محاسباتی بالایی دارند بطور گسترده در شبیه سازی های دینامیک مولکولی استفاده می شود. در بسیاری از این مدل ها از ساختار صلب منطبق بر مولکول های واقعی آب استفاده می شود. یک استثنا برای مدل آب SPC وجود دارد و آن اینکه زاویه HOHبجای مقدار مشاهده شده ۵/۱۰۴ درجه، مقدار ۴۷/۱۰۹ درجه در نظر گرفته می شود. در جدول (۲-۱) پارامترهای چند مدل سه نقطه ای آورده شده است:[۳۸-۴۱].
(جدول ۲-۱):پارامترهای مرتبط با مدلهای سه نقطه ای آب