ناسیونالیسم از آنجایی که موجب اولویت یافتن منافع و اهداف ملی به جای منافع و اهداف فوق ملی می‌شود بزرگترین مانع همگرایی محسوب می‌شود. در خلیج فارس ناسیونالسیم به چند شکل سبب واگرایی می‌شود.
قرار گرفتن ناسیونالیسم عربی در مقابل ناسیونالیسم ایرانی. در این شکل ناسیونالیسم عربی به صورت یک کل در مقابل ناسیونالیسم ایرانی قرار می‌گرد که نتیجه آنرا می‌توان به برخی از اختلافات ایران و اعراب اشاره کرد.
بدین ترتیب، اگر یکی از پیامدهای تضعیف ناسیونالیسم حرکت به سمت همگرای فراملی باشد، باید گفت که در قرن بیستم و به ویژه پس از شکل‌گیری دولت ملی، ناسیونالیسم چه در درون برخی از کشورها و چه در سطح منطقه‌ای از مهمترین عوامل درگیری و نزاع در منطقه خلیج فارس بوده است. در نتیجه تنها ناسیونالیسم در منطقه به حاشیه نرفته بلکه همچنان نقش کلیدی در معادلات و روابط بین کشورهای این منطقه ایفا می‌کند.
۲-اختلافات داخلی(سیاسی، اقتصادی، امنیتی):
۲-۱-برداشت‌های متفاوت از امنیت
شورای همکاری خلیج فارس ایران را چه در گذشته و چه در دوران بعد از انقلاب اسلامی به عنوان یک کشور توسعه طلب و تهدید کننده منطقه شناخته‌اند و به همین دلیل به ایران اعتماد ندارند و به ایران به عنوان بازیگری توسعه طلب می‌نگرند. به این ترتیب این بی‌اعتمادی و سوء ظن باعث شده است که طرح‌های امنیتی متفاوتی ارائه شود، که این طرح‌ها حتی در تضاد با یکدیگرند که این اقدامات باعث سلب امنیت از منطقه و کشورهای همسایه شده است (ابراهیمی فر، ۱۳۷۷: ۱۶۳)
الف-دیدگاه جمهوری اسلامی ایران
با وقوع انقلاب اسلامی ایران در سیاستهای منطقه ای خود، تکیه بر نیروی نظامی و سیاست وابستگی به غرب را کنار گذاشت. این تغییرات موجب تغییر دیدگاه های ایران در مورد امنیت منطقه خلیج فارس شد. تفکر راهبردی جمهوری اسلامی ایران در تامین امنیت خلیج فارس مخالفت با هرگونه حضور نیروهای فرامنطقه ای در آن و حمایت از همکاری های امنیتی منطقه ای است.این موضوع به ویژه در مخالفت با حضور آمریکا در منطقه تحقق می پذیرد(marschal,2003: 151)
ایران همواره اتکا به خود و منطقه گرایی تاکید کرده و امیدوار بود از طریق استراتژی همکاری با شورای همکاری خلیج فارس موجب کاهش وابستگی خارجی شورا و اتکای ان به خارج و به ویژه به امریکا شود. اما شکل گیری بحران روابط ایران و امارات بر سر جزایر سه گانه ایرانی در اوریل و اوت ۱۹۹۲ و پیمان های نظامی امنیتی همسایگان ایران با آمریکا ضربه ای بر تلاشهای همگرایانه امنیتی ایران به شمار می رفت.
هدف سیاست خارجی ایران و راهبرد تسلیحاتی آن مبتنی بر دو هدف یعنی ایجاد امنیت ملی و منطقه ای و توسعه بوده است. از سوی دیگر تنظیم این اهداف همواره تحت تاثیر واقعیت های ژئوپلیتیک و جهت گیری های ایدئولوژیک است و همواره سعی بر آن است که با یکدیگر در تعادل باشند(برزگر، ۱۳۸۶: ۷۰). بنابراین با توجه به این شرایط راهبرد تسلیحاتی ایران دفاعی و نه تهاجمی تنظیم شده است.

ب-دیدگاه اعراب حوزه جنوبی خلیج فارس
ایران امنیت خلیج فارس را مربوط به کشورهای منطقه می داند و با محوریت حضور بازیگران خارج از منطقه مخالف است. ولی کشورهای عرب بر ایجاد نظام امنیتی منطقه ای با حضور قدرت های بزرگ تاکید می ورزند. کویت ،عربستان سعودی و ایران ضرورت احساس امنیت کلیه بازیگران منطقه را به عنوان یکی از شروط ثبات در منطقه برمی شمرند، در حالیکه بازیگران کوچکتر امنیت خویش را برای امن بودن منطقه کافی می دانند.
در واقع با امنیتی کردن بعضی از موضوعات منطقه است که امنیت را تحت تاثیر قرار می دهد مثل چالش های قومی و مذهبی که وجود هویت های گوناگون در منطقه که یکدیگر را نفی می کنند و وجود خود را در گرو نبود دیگری می دانند باعث امنیتی شدن این موضوع می شود.(دهشیار، ۱۳۸۲: ۳۷)
جورج بوش پدر علناً اعلام داشت که آمریکا مایل است در ترتیبات مشترک امنیتی در منطقه شرکت کند و این امر در شرکت آمریکا در تمرین‌های نظامی مشترک، با تعدادی از شیخ نشین‌های خلیج فارس تحقق یافت. اگرچه سعودی‌ها از امضای قرارداد دفاع جامع با آمریکا اجتناب کردند در عوض آنان در مورد یک موافقتنامه آموزش ۱۵ ساله با آمریکا به عنوان چهارچوب قانونی که همکاری گسترده استراتژیک مربوط به دریافت کمکهای دفاعی و ترتیبات آموزشی آنان را پایه‌ریزی کند موافقت کرده‌اند(امیر احمدی ۱۳۷۲: ۶).
ج-سیاست امنیتی مشترک غرب و شورای همکاری خلیج فارس
بحث همکاری‌های امنیتی امریکا و شورای همکاری خلیج فارس که جدیدترین موضوع آن مساله ایجاد سپر دفاع موشکی مشترک بود، موضوعی است که ریشه آن به چندین دهه گذشته بازمی‌گردد. از منظر تاریخی در چند دهه گذشته بعد از انقلاب اسلامی اختلاف دیدگاه و رویکرد میان ایران  و کشورهای شورای همکاری خلیج فارس در مورد نظام امنیتی خلیج فارس مساله ای جدی و اساسی در حوزه خلیج فارس بوده است. ایران پس از انقلاب اسلامی بر نظام امنیتی همکاری جویانه بومی با مشارکت بازیگران منطقه‌ای و بدون حضور و دخالت قدرت‌های فرامنطقه‌ای تاکید داشته است. اما در مقابل کشورهای شورای همکاری خلیج فارس خواستار ورود و مشارکت قدرت‌های فرامنطقه‌ای در نظام  امنیتی منطقه بوده‌اند و این اختلاف دیدگاه به صورت مداوم وجود داشته است. هرچند در برخی مقاطع و دوره ها ایران و شورای همکاری تلاش هایی را برای گسترش همکاری هایی امنیتی در خلیج فارس داشته اند اما در طول چند سال اخیر  در پی افزایش رقابت های منطقه ای اختلاف‌ها در خصوص نظام امنیتی خلیج فارس نیز گسترش یافت. تحولات عراق و حوزه های دیگر مانند لبنان و فلسطین در سال های گذشته و جنبش های مردمی در خاورمیانه در یک سال اخیر باعث گسترش رقایت ها و منازعات ایران و شورای همکاری شد که بر واگرایی دیدگاه ها در مورد ترتیبات امنیتی خلیج فارس نیز تاثیرگذار بوده است..
غربی‌ها و به ویژه امریکا شورای همکاری خلیج فارس را مجموعه‌ای از کشورهایی می‌دانند که برای مهار  و موازنه سازی در برابر ایران می‌تواند کمک بسیاری به آنها کند. در این راستا علاوه بر حضور در این کشورها و روابط سیاسی مناسب و استراتژیک تقویت نیروی نظامی و امنیتی شورای همکاری خلیج فارس نیز یکی دیگر از محورهای مهم طرح مهار ایران از سوی غرب است. در سال‌های گذشته نیز شاهد بودیم که امریکا تعامل‌ و همکاری‌های نظامی و امنیتی خود را با این کشورها گسترش داده است که این همکاری‌ها در دو قالب است:
۱- روابط دو جانبه غرب با کشورهای شورای همکاری خلیج فارس
۲- تعاملات و اقدامات مشترک  با کشورهای حوزه خلیج فارس که به نوعی افزایش انسجام و همگرایی در فعالیت‌های نظامی و امنیتی است و بحث سپر دفاع موشکی نیز در این قالب قرار می‌گیرد
این بحث در مرحله کارشناسی و در حال بررسی است که با توجه به مبانی و پیشنه آن مساله جدی است که شروع شده است. این موضوع که تا چه اندازه این طرح عملی خواهد شد به فضای تعاملات ایران و غرب و همچنین کشورهای شورای همکاری خلیج فارس بستگی دارد. بنابراین روندی است که ممکن است دچار تغییر شود. یکی از اهداف  شورای  همکاری خلیج فارس از آغاز تاسیس ایجاد نیروی دفاعی و نظامی مشترک بود اما تا کنون این کشورها نتوانسته اند نیروی نظامی مشترک کارامدی را تشکیل دهند که قادر به تامین امنیت آنها باشد. همانطور که در حمله عراق به کویت در سال ۱۹۹۰ نیز این امر به وضوح قابل مشاهد بود. بنابراین هرچند که اعضای شورای همکاری خلیج فارس از نظر تسلیحاتی هزینه‌های زیادی کرده‌اند، اما تا کنون موفق به ایجاد نیروی نظامی توانمندی به تنهایی نشده اند. در نتیجه این کشورها در تلاشند که  در جهت تامین امنیت خود و تغییر موازنه قدرت منطقه ای حمایت بیشتر غرب را از جمله در بعد نظامی بدست آورند.غرب نیز در راستای مهار ایران با این کشورها وارد تعامل جدی و همه جانبه از جمله در بعد نظامی شده است تا نیروی کارامدتری برای موازنه سازی در برابر ایران ایجاد شود(اسدی،۱۳۹۱)
د-گسترش خرید های تسلیحاتی
این منطقه به دلیل وجود بحران های متعدد مستعد گسترش سلاح های مختلف می باشد به دلیل وجود جو بی اعتمادی نسبت به یکدیگر و احساس ناامنی.
یکی از مهمترین شاخص‌های واگرایی در منطقه به وجود آمدن رقابت‌های تسلیحاتی در منطقه است. که ناشی از تقابل منافع ایران با کشورهای فرمنطقه‌ای و به خصوص آمریکا و دولتهای منطقه است. رقابت تسلیحاتی را رشد دائمی قدرت نظامی دو یا چند کشور رقیب براساس این تصور که تنها افزایش قدرت نظامی است که می‌تواند امنیت یک دولت یا برتری او را نگاه دارد، تعریف کرده‌اند. این رقابت دو جنبه کمی و کیفی را در برمی‌گیرد.
سابقه تسلیحاتی دولتهای کوچک هر دو جنبه کیفی و کمی اهمیت دارد ولی در رقابت قدرت‌های بزرگ به دلیل وسعت میدان کشمکش‌ها و گستردگی جغرافیایی بعد کیفی قضیه اولویت پیدا می‌کند.
(۱۹۸۹:۱۹،Disarmamnt LCN). فروش اسلحه و تبدیل شدن منطقه به بازار خرید تسلیحات، جزیی از طرح‌های امنیتی ابر قدرت‌ها در منطقه است که عمدتاً در جهت ایجاد قدرت‌های نظامی منطقه‌ای به منظور حفظ و حراست از اهداف خودشان و نیز به دلیل اهداف اقتصادی و سود سرشار ناشی از فروش تسلیحات شکل گرفته است.رقابت تسلیحاتی در بین کشورهای خلیج فارس که بزرگترین خریداران تسلیحاتی تبدیل شده‌اند، نه تنها باعث امن شدن منطقه نشده، بلکه به تشدید ناامنی و عدم اعتماد در بین این کشورها کمک کرده است و به مانعی برای همکاری در بین کشورها تبدیل شده است.
آمادگی و تجهیز یک کشور جهت حفظ امنیت خود موجب احساس عدم امنیت از سوی دیگر کشورهای منطقه می‌شود بنابراین در چارچوب سیستم بین‌الملل که کشورها در آن به بازیگران اصلی مشهورند امنیت بیشتری که توسط یک کشور کسب می‌شود، به احساس عدم امنیت برای کشورهای دیگر منجر می‌شود که کشور مقابل را تهدیدی علیه خود می‌بیند. پیامد چنین عملی چرخه‌ای باطل از خریدهای تسلیحاتی و بی‌اعتمادی است که باعث تعریف امنیت براساس نرم‌های نظامی می‌شود(اقلیم ،۱۳۸۳: ۸).
براساس تعریف سازمان ملل امنیت وضعیتی است که در آن کشورها احساس هیچ گونه خطر حمله نظامی، فنی و سیاسی یا اقتصادی ننموده و بتواند آزادانه توسعه و پیشرفت خود را دنبال کنند. (United nations puvlications, 1986:2)
با وجود اینکه همه کشورهای منطقه خلیج فارس خواهان امنیت منطقه هستند، اما در ترتیبات، روش‌ها و ابزارهای تأمین آن اختلاف نظرهای اساسی وجود دارد. به عبارتی هر چند که امنیت خلیج فارس اصطلاحاتی است واحد اما تعاریف متفاوت و متضادی از آن به عمل آمده است. تعارض این دیدگاه های امنیتی خود یکی از عوامل تهدید امنیت در منطقه خلیج فارس می‌باشد. (نیک ضمیر، حجتی، ۱۳۸۲: ۶)
انگیزه های خریدهای تسلیحاتی را می توان از چند عامل مهم نام برد.
الف: تامین امنیت
استراتژیک ترین دلیل برای کشورهای متقاضی تسلیحات، احساس عدم امنیت می باشد، اگر کشوری احساس تهدید نسبت به امنیت خود داشته باشد سعی در افزایش قدرت نظامی خود را خواهد داشت. مهمترین موضوعی که هدف ویژه کشورهاست منافع ملی ، قدرت ملی و در راس آن امنیت ملی می باشد. بر همین اساس وضعیت معمای امنیتی واضح ترین توصیف روابط بین کشورها می شود. و هر کشوری بر این اعتقاد است که طرف دیگر واقعا خواهان برتری و افزایش سلاح های خود است و هیچ تمایلی به خلع سلاح خود ندارد بلکه بیشترین تمایل را به خلع سلاح طرف مقابل دارد(Nicholson, 1993: 67) فرض بر این است که افزایش تسلیحات می تواند از حمله دشمن یا رقیب جلوگیری کرده و یا توازن قوا را به نفع خود پیش ببرد.
افزایش قدرت نظامی در مرحله اول می تواند منجر به جلوگیری از حمله دشمن و ایجاد موازنه یا بازدارندگی شود. و در عین حال توانایی جنگیدن را افزایش می دهد.
ب: موقعیت و نفوذ
هدف دیگر در دستیابی به تسلیحات تاثیر آن بر موقعیت و پرستیژ ملی است. تلاش دولت عراق برای تولید سلاح های کشتار جمعی در دهه۷۰ و همچنین تولید تسلیحات اتمی در دهه۸۰ و طرح دفاع استراتژیک در سطح کلان و جنگ با ایران در سطح منطقه ای با حمایت شوروی فضای مناسبی را برای دولت عراق ایجاد کرد تا با پنهان کاری و تقلب برنامه های تسلیحاتی خود را در این راستا پیش ببرد(david,2006:87,). رژیم هایی که سر کارند درگیر مشکلات مشروعیت و بی ثباتی داخلی هستند.که با این کار سعی می کنند که نظر مردم را از مسایل داخلی به مسئله خارجی جلب کنند که تقویت تسلیحات در یک کشور میتواند به تقویت احساسات ملیگرایانه منجر شود.
بسیاری از پژوهشگران استدلال می کنند که کشورها رفتار خود را بر اساس انتظارات بین المللی تغییر می دهند. تا از سوی دیگران طرد نشوند. زیرا این کشورها براین فکر هستند که هر دولتی که به توانایی تسلیحاتی دست پیدا کند به جایگاه منطقه ای و بین المللی مهمی دست خواهد یافت.
۲-۲-منازعات مرزی سرزمینی(ادعای امارات نسبت به جزایر ایران! )
مهمترین اختلاف مرزی ایران با کشورهای جنوبی حوزه خلیج فارس به ادعاهای سرزمینی امارات متحده عربی نسبت به جزایر ایرانی تنب بزرگ و کوچک و ابوموسی می‌باشد. جزایر به لحاظ تاریخی بخشی از قلمرو ایران محسوب می‌شوند اما در سده نوزدهم و اوایل قرن ۲۰ بریتانیا تعدادی از جزایر ایران در خلیج فارس را مستقیماً و یا از طریق حکومت امارات تحت اشغال درآورد(مجتهد زاده،۱۳۷۵: ۴۳). مسئله جزایر اشغال شده توسط انگلیس که از سال ۱۸۹۱ تا دهه ۱۹۶۰ و ۱۹۷۰ یعنی تا زمان خروج نظامیان انگلیس ادامه داشت. این دوران همزمان با استقلال کشورهای جنوبی خلیج فارس بود. در این زمان ایران حل مسئله بحرین و شناسایی شیعه‌نشین‌های حاشیه جنوبی را منوط به حل مسأله جزایر سه گانه قرار داد و بالاخره در نوامبر ۱۹۷۱ پس از مذاکرات ایران با انگلیسی نیروی نظامی ایران وارد جزایر سه گانه شد(اسدی، ۱۳۸۱: ۱۹۱).
این امر موجب اتخاذ سیاستهای ضد ایرانی شد که پس از انقلاب بر روابط طرفین تأثیرگذار بوده است. لازم است به این نکته اشاره شود که دلایل متعددی برای اثبات حاکمیت ایران به این جزایر وجود دارد که از مهمترین آنها نقشه هایی است که توسط خود بریتانیا تهیه شده که در آن جزایر جز قلمرو ایران نشان داده شده است.
در این اختلاف سه عامل نیرومند قابل تشخیص است ۱- علاقه به پروراندن هویت ملی و ابراز آن در منطقه از سوی امارات ۲- سوء تفاهم مداوم و فزاینده میان دو طرف که ناشی از تلاش برای ایجاد نهادی عربی در برابر گسترش نفوذ ایران در منطقه خلیج فارس است ۳- عاملی که از واقعیتهای منطقه‌ای است ناشی از میل به ایجاد کنترل استراتژیک و یا ناشی از رعایت مصلحت های قدرت‌های فرامنطقه‌ای حاصل می‌شود. همانند ایجاد تنش و یا تشدید کشمکش‌ سرزمینی برای توجیه حضور نظامی خارجی در منطقه (مجتهد زاده۱۳۷۶: ۶۳).
جمهوری اسلامی ایران خواهان برطرف شدن سوء تفاهم از طریق گفتگوی مستقیم و دو جانبه در چارچوب یادداشت تفاهم ۱۳۵۰ مبنی بر حاکمیت ایران به این جزایر می‌داند و ادعای امارات نسبت به جزایر واهی است، در حالیکه امارات نیز معتقد است که هر گونه گفتگو می‌بایست راه حلی را براساس بازگرداندن این جزایر به حاکمیت امارات پیدا کند.
از عوامل داخلی تأثیرگذار در این جهتگیری شورا می‌توان به نقش دشمن تراشی در ایجاد یکپارچگی ملی و حفظ آن دانست، زیرا که وجود یک دشمن خارجی مشترک در جهت حفظ یکپارچگی فدراسیون همواره مدنظر آنها بوده است. با ایجاد بحران جزایر سه گانه ایجاد دشمن خارجی مشترک به عنوان عامل وحدت فدراسیون و عامل دولت ـ ملت سازی پیدا شده است. در امارات مسئله جزایر به عنوان نمادی از چالش ارضی برای عمر یک ملیت است. (Mojtahed-zadeh, 2006,42).
کشورهای فرامنطقه‌ای تأثیرگذار در مسئله جزایر می‌توان به انگلیس و آمریکا اشاره کرد که با دامن زدن به این اختلاف حضور خود را در منطقه تثبیت می‌کنند.
آمریکا به دلیل مخالفت با ایران موضع مناسبی در رابطه جزایر نگرفته است. آن‌ ها به طور تلویحی از امارات حمایت می‌کنند. دولت‌های منطقه نیز مثل عربستان و شورای همکاری به حمایت از این ادعاها می‌پردازد. شورای همکاری همواره یکی از حامیان اصلی آن کشور و بانی گسترش و بین‌المللی کردن بحران جزایر بوده است ازاوت ۱۹۹۲ که بحران جزایر شروع شد تاکنون شورای همکاری در اجلاس خود از ادعای امارات حمایت کرده است. حتی این کشورها در گردهمایی‌های خود و از جمله در حاشیه اجلاس مجمع عمومی سازمان ملل و یا کنفرانس غیر متعهدها حمایت خود را اعلام کرده‌اند(جعفری ولدانی،۱۳۷۶: ۵۶۱).
جزایر تنب و ابوموسی به علت واقع شدن در نزدیکی تنگه هرمز اهمیت استراتژیک دارند. تمام صادرات نفت ایران و ۸۰ درصد تجارت خارجی کشورمان از طریق خلیج فارس و تنگه هرمز انجام می‌شود لذا تنب و ابوموسی از جهت کشتیرانی بین‌المللی، حمایت از صادرات نفتی ایران و تجارت خارجی اهمیت حیاتی دارد.
بنابراین تا زمانی که امارات از ادعای خود دست بر ندارد این اختلافات به عنوان یک عامل چالش بین ایران و کشورهای جنوبی خلیج فارس خواهد بود، البته این محقق نمی‌شود مگر اینکه کشورهای منطقه‌ای و فرامنطقه‌ای از حمایت خود از امارات دست بردارند. (ضرغامی،۱۳۹۰: ۴۰)
۲-۳-مکمل نبودن اقتصاد منطقه:
اقتصادهای مکمل در مقابل اقتصادهای رقیب قرار می‌گیرد. منطقه‌ای از لحاظ اقتصادی مکمل دانسته می‌شود، که تولید انبوه و تنوع کالا در آن منطقه به حدی باشد که کشورهای واقع در آن پیش از آنکه در جهت تأمین نیازهای خود به خارج از منطقه توجه داشته باشند بتوانند بخشی مهمی از نیازهای یکدیگر را به صورت متقابل در داخل منطقه مرتفع سازند(قاسمی، ۱۳۸۵: ۲۱۰).
بنابراین منطقه‌ای که دارای ساخت اقتصادی مکمل باشد، فرصت و امکان برقراری ارتباطات تجاری گستردهتر، تأمین بخش مهمی از نیازهای کشورهای منطقه و همچنین وابستگی اقتصادی کمتر به خارج از منطقه سبب نزدیکی و پیوند کشورها به لحاظ اقتصادی می‌شود.